Wygaszanie paleniska w biokominku jest czynnością tak samo prostą jak jego rozpalanie. Polega na odcięciu dostępu powietrza do ognia. W tym celu w biokominku wyposażonym w prostokątny zbiornik należy zamknąć dopływ powietrza poprzez przesunięcie wbudowanej pokrywy. Ze względu na wysoką temperaturę do której nagrzewa się pojemnik z palącym biopaliwem, pokrywę przesuwamy za pomocą dołączonego do zestawu pogrzebacza. Zaleca się, aby biopalenisko zostało zamknięte do czasu kolejnego rozpalenia. Zbiornik na biopaliwo i pozostałe elementy biokominka narażone na kontakt z płomieniem lub gorącym powietrzem mogą być gorące jeszcze przez kilkadziesiąt minut po wygaszeniu ognia.